工程中心的管理制度随着中心的运行逐渐建立并不断完善，目前建立的规章制度有：

1、工程中心人员管理制度

2、工程中心实验管理制度

3、物资管理制度

（1）地热中心设备管理办法

（2）地热中心低值易耗品管理暂行办法

（3）地热中心仪器设备、器材损坏丢失赔偿的管理办法

（4）地热中心大型仪器室管理规定

4、工程中心安全与环境保护制度

（1）工程中心安全制度

（2）四防制度

（3）工程中心消防安全责任制度

（4）工程中心安全检查制度

（5）工程中心特殊实验相关安全管理措施

（6）工程中心特殊试剂管理办法

（7）工程中心特殊药品领用记录

（8）工程中心应急情况预案

（9）工程中心实验室处理应急情况指南

（10）工程中心三废制度

5、信息收集整理制度

6、档案管理制度

7、工程中心其他管理制度